Bajo el método científico que se definió y aplicó en el siglo XVII, se fueron abandonadas las circunstancias naturales y artificiales, y lentamente se fue aceptando una tradición de investigación de la experimentación sistemática a través de la comunidad científica. La filosofía de usar un acercamiento inductivo a la naturaleza — abandonando la suposición y simplemente intentando observar con una mente abierta — estaba en estricto contraste con el anterior enfoque aristotélico de la deducción, mediante el cual el análisis de los hechos conocidos producía mayor comprensión. En la práctica, por supuesto, muchos científicos (y filósofos) creían que era necesaria una combinación saludable de ambos, la disposición a cuestionar suposiciones, pero también a interpretar observaciones asumidas como que tienen cierto grado de validez.
Al final de la revolución científica, el "mundo cualitativo" de los filósofos de la lectura de libros había sido transformado en un mundo mecánico y matemático conocido a través de la investigación experimental. Aunque si bien no es cierto que la ciencia newtoniana era como la ciencia moderna en todos los aspectos, conceptualmente se parecía a la nuestra en muchos aspectos. Muchas de las características de la ciencia moderna, especialmente con respecto a su institucionalización y profesionalización, no se estandarizaron hasta mediados del siglo XIX.
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