La principal forma de interacción de la tradición científica aristotélica con el mundo era la observación y la búsqueda de circunstancias "naturales" a través del razonamiento. Junto con este enfoque estaba la creencia de que los eventos raros que parecían contradecir los modelos teóricos eran aberraciones, no diciendo nada sobre la naturaleza como era "naturalmente". Durante la revolución científica, las percepciones cambiantes sobre el papel del científico con respecto a la naturaleza, el valor de la evidencia, experimental o observada, condujeron a una metodología científica en la cual el empirismo desempeñó un gran rol aunque no absoluto.
Al comienzo de la revolución científica, el empirismo ya se había convertido en un componente importante de la ciencia y la filosofía natural. Pensadores anteriores, incluyendo el filósofo nominalista del siglo XIV Guillermo de Ockham, habían comenzado el movimiento intelectual hacia el empirismo.
Los fundamentos filosóficos de la revolución científica fueron establecidos por Francis Bacon, que ha sido llamado el padre del empirismo. Sus trabajos establecieron y popularizaron las metodologías inductivas para la investigación científica, muchas veces denominado método Baconiano, o simplemente método científico. Su exigencia de un procedimiento planificado para investigar todo los elementos naturales marcó un nuevo giro en el marco retórico y teórico de la ciencia, muchos de las cuales todavía rodean las concepciones de la metodología adecuada hoy en día.
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